MALANG - Kali ini kita akan membahas mengenai karakter molekul dari protein. Kalian pasti tahu kan kalau protein itu memiliki peran penting dalam struktur fungsi di semua sel makhluk hidup. Jika kalian masih belum tahu apa itu protein, protein merupakan senyawa organik kompleks dengan bobot molekul tinggi yang polimer dari monomer-monomer asam amino-nya dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida. Rata-rata protein merupakan enzim/subunit enzim, sedangkan yang lain berperan sebagai fungsi struktural dan mekanis, misal untuk menyusun struktur tubuh dan sendi sitoskeleton.  

Proses mencari atau menyusun data biasanya dilakukan pada berbagai molekul protein dengan macam-macam jenis asam amino yang memiliki urutan spesifik. Ini akan berguna untuk meramalkan konformasi molekul protein yang baru didapat dengan menentukan molekul protein yang sudah di tahu konformasi molekulnya. Cara supaya kalian bisa mengetahui konformasi protein dengan eksperimental, peramalan, atau bisa juga dengan simulasi komputer pada protein tersebut. Lalu, hasilnya bisa dicocokkan dengan konformasi molekul pada protein tersebut. Dari hal itu bisa diukur seberapa bagusnya kemampuan program komputer itu untuk meramalkan konformasi molekul protein. Peramalan/simulasi komputer merupakan disiplin dalam bioinformatika, dengan peran dan bantuan ahli komputer untuk mencocokkan hasil program komputer terhadap struktur hipotetik dari protein yang dibandingkan dengan struktur protein sesungguhnya. Kalian bisa melakukan peramalan pada molekul protein hipotetik, yaitu molekul protein yang didesain dengan urutan dan juga jenis asam amino tertentu menggunakan komputer. 

Membandingkan, meramal, dan mengurutkan asam amino penyusun protein sekarang sudah bisa dilakukan dengan banyak program komputer hasil pengembangan disiplin bioinformatika. Kalian tidak perlu membandingkan sifat tersebut secara manual karena bisa menghabiskan banyak waktu kalian dan hasilnya tidak efisien. Teknik bioinformatika juga sudah bisa menawarkan kalian sebuah kajian tentang mekanisme interaksi antara protein dan reseptornya. Mekanisme hipotetik (peramalan manusia) tentang interaksi antara molekul protein dengan karakter tertentu dan reseptornya terdiri dari bermacam-macam jenis biomolekul seperti protein ini, ada juga lipid dan lainnya yang termasuk dalam membran sel tempat reseptor itu berada. Ada hal yang bisa membuat protein menjadi sentral pengamatan, yaitu tingkat keragamannya dengan protein serupa, tapi berasal dari organisme lain. Misal, usaha untuk melihat tingkat keragaman struktur hormon insulin manusia dan insulin kera. Secara logika, jika semakin mirip jenis dan urutan asam amino kedua hormon tersebut, artinya tingkat kekerabatan makhluk itu juga dekat. Hal ini yang sedang diusahakan untuk mendobrak hipotesis evolusi Charles Darwin. 

Sumber: Bioinformatika-modul (Sukmawati)