MALANG - Dalam database sekuens DNA, ada begitu banyak data yang dapat di akses dengan cara cepat dan jauh lebih relevan secara biologis. Ada cara mudah yang bisa kalian gunakan untuk mengakses sekuens tersebut, yaitu dengan mencari database berdasarkan nomor aksesi sekuens, tapi tidak semua ada di dalam database karena ada kemungkinan tidak semuanya dapat diidentifikasi. Nah, tapi ada cara lain juga yang bisa kalian gunakan untuK mencari database sekuens, misal sekuens similarity atau GO annotation sekuens. 

Pertama adalah kesamaan sekuens. Ini merupakan cara paling umum yang sering digunakan untuk mencari database sekuens. Caranya cukup sederahana, yaitu dengan mencari database sekuens melalui kesamaan dengan sekuens yang sudah diketahui. Alat yang dapat digunakan untuk mencari kesamaan sekuens adalah BLAST. BLAST adalah cara paling umum yang sering digunakan karena kecepatannya, antarmuka yang digunakan dalam penarian inj begitu banya dan beragam. Kalkan juga bisa menggunakan antarmuka baru yang lebih kompleks namun dikembangkan dengan baik menggunakan speses atau data tertentu. Penggunaan BLAST direkomendasikan untuk peneliti supaya mereka bisa mengenal berbagai pilihan dalam mengoptimalkan perbadingan sekuens.

Lalu ada GO annotation. Kebanyakan database sekuens DNA bisa mencuri data anotasi sekuens menggunakan kata kunci atau anotasi yang terstruktur, seperti dalam bentuk Gene Ontology. Dalam data anotasi, pencarian yang lebih maju berasal dari database organisme model. Beberapa informasi pentimg itu berupa lengiriman urutan, anotasi awal, dan setail taksonomu yang dipertahankan dalam database NCBI, EMBL, dan DDBJ. Ontology Gen dikenalkan dengan tujuan untuk membantu pencarian yang lebih terstruktur dan bisa meningkatkan analisa terhadapt jumlah informasi dalam DNA sekuens. 

Penjelasan mengenai basis data sekuens DNA diatas masih merupakan penjelasan sederhana dan singkat. Jika kalian ingin mencaritahu lebih banyak lagi, kalian bisa mencari beberapa referensi dari buku atau jurnal yang disediakan oleh InBio Indonesia, karena referensi yang ditawarkan pasti akan sangat menguntungkan kalian. Tetap semangat!

Sumber: Bioinformatics: Tools and Applications-David Edwards, Jason Stajich, David Hansen (book)