MALANG - Pasti kalian sudah tahu jika bioinformatika merupakan studi yang menautkan disiplin biologi molekuler, matematika, dan teknik informasi (IT). Peran bioinformatika sangat penting untuk manajemen data-data biologi molekul, terutama tentang sekuen DNA dan informasi genetik dan perangkat yang paling dibutuhkan adalah software, yang tentunya didukung oleh internet.

Sebenarnya, bioinformatika mempunyai peluang yang sangat besar untuk berkembang. Itu karena banyak cabang-cabang ilmu yang terkait dengan hal ini. Untuk mengidentifikasi sebuah penyakit baru, bioinformatika dapat diaplikasikan untuk penelitian tersebut. Itu dikarenakan bioinformatika menyediakan tool yang sangat penting untuk identifikasi agent penyakit yang belum dikenal penyebabnya. Selain itu, jika ingin menangani penyakit baru, perlu diagnosa yang akurat supaya penyakit satu dengan yang lain bisa dibedakan. Keakuratan diagnosa sangat diperlukan supaya bisa memberikan perawatan dan obat yang tepat untuk pasien.

Untuk mendiagnosa suatu penyakit bisa kalian lakukan dengan beberapa cara, misalnya isolasi agent penyebab penyakit tersebut dan analisa morfologinya, mendeteksi antibodi yang dihasilkan dari infeksi dengan teknik enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA), dan mendeteksi gen dari agent pembawa penyakit tersebut dengan Polymerase Chain Reaction (PCR). Kalian bisa mengambil contoh di salah satu penyakit yang beberapa waktu ini menjadi kasus hangat, yaitu SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome). Ada salah satu spekulasi yang mengatakan kalau penyakit ini disebabkan oleh virus influenza karena gejalanya mirip dengan pengidap influenza, tapi itu salah karena virus influenza tidak terisolasi dari pasien. Hingga ditemukan kalau sebagian besar pasien SARS terisolasi virus Corona, jika dilihat dari morfologinya. Sekuen genom virus ini dibaca, dan hasil analisis menunjukkan kalau penyebab SARS adalah virus Corona yang telah bermutasi.

Bioinformatika berperan dalam proses pembacaan genom virus Corona. Jadi, di database GenBank, EMBL (European Molecular Biology Laboratory), dan DDBJ (DNA Data Bank of Japan) ada data sekuen beberapa virus Corona, ini digunakan untuk mendesain primer yang bisa digunakan untuk amplifikasi DNA virus SARS. Software untuk mendesain primer pun sudah ada, gratis dan komersial. Untuk yang gratis bisa mencoba Webprimer yang disediakan oleh Stanford Genomic Resources (http://genome-www2.stanford.edu/cgi-bin/SGD/web-primer) atau GeneWalker yang disediakan oleh Cybergene AB (http://www.cybergene.se/primerdisain/genewalker). Untuk yang komersial ada Primer Desainer yang dikembangkan oleh Scientific & Education Software. Untuk software analisa DNA lainnya, bisa mencoba Sequencher (GeneCodes Corp.), SeqMan II (DNA STAR Inc.), Genetyx (GENETYX Corp.), dan DNASIS (HITACHI Software).  

Jadi, virus SARS diketahui jika genom virus Corona, penyebab SARS berbeda dengan virus Corona lainnya. Perbedaan itu bisa diketahui dengan proses mencari kemiripan sekuen (homology alignment) dari sekuen virus SARS.

sumber: Bioinformatika: perkembangan, disiplin ilmu dan penerapannya di Indonesia (Aprijani & Elfaizi)