MALANG - Untuk mempelajari molekul RNA, sekiranya ada beberapa teknik laboratorium yang bisa digunakan. Salah satu teknik yang dikembangkan adalah Northern Blotting. Dapat dikatakan bahwa metode ini memiliki kesamaan dengan Southern blotting. Akan tetapi, alih-alih mengidentifikasi DNA, molekul RNA spesifik dari campuran dideteksi.

Pertama, RNA akan diekstraksi dari jenis sel atau  jaringan tertentu. RNA di dalam sampel akan dipisahkan berdasarkan ukurannya menggunakan elektroforesis, lalu kemudian dipindahkan ke membran. Dimana RNA yang telah diekstraksi akan melekat sepenuhnya. Sebuah probe berlabel secara berurutan akan melengkapi untai RNA yang diteliti dan kemudian ditambahkan ke membran. 

Teknik Northern blotting sebagian besarnya digantikan oleh teknik yang lebih cepat dan lebih sensitif seperti RTPCR. Dalam RTPCR, mRNA melalui ekstraksi dari sel atau jaringan, lalu diubah menjadi cDNA, dan kemudian akan diamplifikasi. Untuk mengukur jumlah gen (mRNA) yang diekspresikan, perluasan teknik yang disebut  RTPCR kuantitatif atau real-time (qRTPCR) dapat digunakan. Hal ini bertujuan agar bisa membandingkan ekspresi gen antara tipe sel yang berbeda atau dalam sel di bawah kondisi fisiologis ataupun eksperimental yang berbeda.

* Microarray

Northern blotting dan RTPCR biasanya mengukur ekspresi satu atau lebih gen secara bersamaan. Sebaliknya, teknik microarray bisa mengukur ekspresi gen dari seluruh genom organisme hanya dengan satu langkah. Teknik analisis genomik dengan skala besar ini sangat bermanfaat apabila ingin membandingkan profil ekspresi gen antara dua sampel. Sebagai contoh, diantara sebuah jaringan yang sehat dan yang sakit, sel yang diberi obat dibandingkan dengan yang tanpa perawatan obat, atau sel yang terinfeksi patogen dibandingkan dengan sel yang tidak terpengaruh. Hal ini dapat mengidentifikasi subset gen yang diekspresikan, di bawah atau di atas dalam satu sampel relatif pada sampel kedua yang dibandingkan. Didalam metode ini, mRNA melalui ekstraksi dari kedua sampel dan diubah menjadi cDNA menggunakan reverse transcriptase. cDNA sampel satu ditandai dengan penanda fluorescent merah dan yang kedua dengan penanda fluorescent hijau, hal tersebut dilakukan agar sampel bisa dibedakan. Dari kedua sampel yang digabungkan dan ditambahkan ke chip DNA atau microarray, ini merupakan urutan DNA yang mewakili gen berbeda yang dipasangkan melalui dudukan mini yang menyerupai slide. Ketika template yang cocok ditambahkan, cDNA akan mengikat urutan komplementer dalam array.

Microarray dipindai dengan fluoresensi dan akan diambil gambar menggunakan mikroskop fluoresensi. Intensitas fluoresensi pada setiap urutan DNA mewakili jumlah molekul cDNA berlabel yang berhubungan dengan urutan itu sendiri, begitupun dengan jumlah mRNA yang ada dalam sampel asli. Dengan menganalisis data secara komputasi, perbedaan relatif dalam ekspresi gen antara dua sampel dapat diukur.

* RNA sequencing 

RNA sequncing atau juga dikenal sebagai RNAseq. Teknik ini berguna untuk mengidentifikasi molekul RNA dan mengukur profil ekspresi gen. Melalui metode ini, RNA total diekstraksi, difragmentasi, diubah menjadi cDNA dan kemudian akan diurutkan menggunakan sekuensing generasi berikutnya. Alih-alih mengekstrak RNA total yang sudah mencakup semua molekul RNA berbeda yang ada di dalam sel, bisa juga mengekstraksi populasi tertentu seperti miRNA atau lncRNA. Molekul-molekul tersebut diisolasi berdasarkan perbedaan ukuran dan dikonversi ke cDNA sebelum pengurutan. RNAseq telah digunakan di beberapa proyek skala besar dan digunakan untuk mengidentifikasi dan membuat katalog elemen fungsional genom sebagai bagian dari proyek ENCODE agar bisa mengubah pemahaman mengenai genom dan cara kerjanya. Hal ini telah digunakan dalam proyek Cancer Genome Map untuk mengukur perbedaan dalam profil ekspresi gen antara sel kanker dan non-kanker. Data-dat yang didapatkan dari penelitian ini bisa membuka jalan agar ada cara-cara baru untuk mendiagnosis dan mengobati kanker.

Terima kasih sudah membaca penjelasan singkat mengenai RNA! Semoga ini dapat membantu kalian semua..

Sumber: Molecular Biology: A Very Short Introduction-Aysha Divan&Janice A, Royds (book) | pig : https://www.researchgate.net/figure/Reverse-transcriptase-RT-PCR-and-Northern-blot-analysis-of-Lactobacillus_fig1_7982592