Ada sebuah metode identifikasi bakteri yang bisa kalian gunakan, yaitu analisis genetik bakteri melalui pembacaan sekuen basa nitrogen pada nukleotida penyusun fragmen gen 16S rRNA. Dalam metode deteksi molekuler Gen 16S rRNA memiliki tingkat diskriminasi yang rendah karena hasi rentetan gen ini menunjukkan kesamaan yang tinggi dalam satu spesies. Beberapa kelebihan gen 16S rRNA adalah bersifat ubikuitus dengan fungsinya yang bersifat identik pada setiap organisme bisa berubah sesuai jarak evolusinya sehingga bisa digunakan untuk kronometer evolusi, memiliki bagian yang bersifat konservatif untuk mengkonstruksi pohon filogenetik universal, dan memiliki bagian hypervariable region yang mempermudah kalian untuk mengidentifikasi jenis-jenis bakteri. 

Gen 16S rRNA bisa menjadi pilihan efektif karena keakuratannya yang tinggi dan tidak memakan waktu dalam pengidentifikasinnya. Tapi tidak ada yang sempurna, metode ini juga memiliki kekurangan. Gen 16S rRNA memiliki morfologi yang sama walau spesiesnya berbeda. Jadi, walau sudah diidentifikasi secara molekuler, tidak ada jaminan morfologi atau fenotip yang diamati akan sama. pada salah satu penelitian, ada perbedaan ciri-ciri seperti warna, ukuran, elevation, atau bentuk koloninya. tapi,  diidentifikasi termasuk dalam genus bakteri yaitu bacillus sp. ketidaksamaan fenotip bisa disebabkan oleh penggunaan metode, karena metode fenotip jika dilakukan secara berulang akan memberikan hasil yang berbeda juga.

Salah satu penggunaan sekuensing Gen 16S rRNA dalam penelitian ada pada bidang klinis.  Metode ini bisa kalian manfaatkan untuk mendiagnosa suatu penyakit, walau belum banyak digunakan karena biaya yang dibutuhkan juga tidak sedikit. Tapi, tetap saja metode ini memiliki keakuratan dan menjadi metode yang cukup cepat untuk mengidentifikasi berbagai sampel klinis. pada sebuah penelitian pada penderita ISK (Infeksi saluran kencing) dan terdapat bakteri Klebsiella pneumonia. bakteri itu berhasil didapatkan dengan mengamplifikasi gen Gen 16S rRNA  dengan tingkat kemiripan 99%. 

Sumber: jurnal:Pemanfaatan gen 16s rrna sebagai perangkat identifikasi bakteri untuk penelitian-penelitian di indonesia (Akihary & Kolondam)