MALANG - Jadi, apa yang kalian ketahui mengenai genome browser? Umumnya, genome browser digunakan untuk megakases data dalam jumlah besar melalui antarmuka pengguna grafis dan untuk memenuhi kebutuhan pembuatan DNA murni, sifat-sifatnya, dan anotasi agar lebih mudah untuk dicari asal-usulnya di kelas alat bioinformatika. Genome browser menggunakan gambaran visual dengan tingkat tinggi agar bentuk mudah untuk dipahami dan memberikan darana untuk mencaritahu data untuk meningkatkan resolusi  dari skala megabaseb ke tingkat individu dalam urutan DNA.

Saat ini ada banyak informasi fitur genome yang tersedia dan ada banyak browser genome berbasis web. Ada beberapa sumber daya pencarian genom berbasis web yang besar dan banyak digunakan untuk penelitian. Salah satunya adalah University of California at Santa Cruz (UCSC) Genome Browser.

Catatan yang ada di UCSC berasal dari banyak sumber, termasuk data-data dari NCBI (National Center for Biotechnology Information). Browser genome di UCSC juga menyediakan rakitan yang didapatkan dari NCBI langsung. Catatan yang sudah dihasilkan oleh perangkat ini adalah kumpulan USCS genes. Ini merupakan anotasi gen yang konservatif dan memiliki kualitas tinggi yang diambil dari data RefSeq, GenBank, dan Uniprot. Salah satu catatan dari UCSC adalah trek genomik komparatif megenai ringkasan urutan kenservasi antara spesies dan jejak rantai atau jaring yang menata ulang kromosom. 

Browser UCSC mendukung 48 spesies dan browser genom manusia saat ini memiliki 178 data. Browser UCSC menampilkan antarmuka pengguna dengan sederhana dengan kontrol navigasi di bagian atas, gambaran umum kromosom, dan panel detail. Browser UCSC bisa mengakses data melalui dua cara. Data massal yang bisa diunduh dari situs FTP (File Transfet Protocol) yang bisa diakses melalui browser web atau perangkat lunak. Lalu penambangan data interaktif, pembuatan trek kustom, dan data didukung oleh antarmuka browser tabel. Perangkat ini ditulis menggunakan pemrograman C dan kombinasi database MySQL dengan teknik pengubahan data yang dioptimalkan agar bisa menampilkan browser yang cepat dan responsif. Ada kelemahan kecil dalam genome browser UCSC, yaitu antarmuka pengguna lebih sederahan dibandingkan dengan genome browser lainnya. Namun tetap ada pengguna yang setia dan antusian dengan genome browser ini. 

Nah, sampai sini dulu penjelasan mengenai salah satu bagian dari genome browser. Mungkin di pembahasan selanjutnya kita bisa membahas perangkat lain dari genome browser lainnya. Semoga membantu ya! 

Sumber: Bioinformatics: Tools and Applications-David Edwards, Jason Stajich, David Hansen (book)