Berita
ENSEMBL Genome Browser: Web-Based genome browser
MALANG - Sebelumnya kita sudah membahas mengenai salah satu seb-based Genome browser, yaitu UCSC Genome Browser. Sekarang kita akan membahas mengenai web-base lainnya, yaitu project Ensembl. Jadi apa itu ensembl genome browser?
Projek ensembl merupakan sebuah proyek yang penggunanya dapat melakukan antarmuka jauh lebih bernuansa dan memiliki fitur yang begitu banyak. Perangkat ini juga bukan hanya sekedar portal menuju data yang dibuat secara eksternal, tapi proyek ensembl punya saluran anotasi yang jauh lebih luas. Ensembl memiliki prediksi gen dan alur anotasinya sendiri, database terbaru akan ditambahkan ke peta genom DNA agar bisa menempatkan keterangan pada peraturan sekuens yang sudah dibangun. Saat jni, ensembl memiliki 46 spesies di dalamnya dan 3 spesies tambahan yang berstatus pra-pelepasliaran. Jika dalam browser genom manusia ada lebih dari 200 trek data.
Perangkat ensembl biasanya butuh kata kunci yang luas dan menyediakan akses tekstual yang berkaitan dengan genom, gen. Kelurga gen, dll. Titik beranda untuk masing-masing spesies yang menampilkan kromosom atau karyotype. Selanjutnya, di halaman beranda spesies kalian bisa klik kromosom agar bisa pindah ke tampilan peta yang lebih detail. Koordinat atau istilah pencarian yang tepat akan membawa kalian masuk ke inti permabanan genom. Browsen ensembl memiliki tiga panel untuk tingkat resolusi yang berbeda-beda dari kromosom-contig-pasangan basa. Dua panel bagian bawah berguna untuk rangkaian trek dan panel teratas berguna untuk menampilkan posisi yang bisa dilihat dalam kontek kromosom.
Ada yang disebut sebagai panel wilayah, yang berguna untuk meringkas visual tingkat tinggi dari gen dan contigs. Contigs merupakan rangkaian yang digunakan untuk pembuatan genom. Panel ini secara detail akn menampilkan trek dengan cara yang mirip dengan UCSC atau browser genom lainnya secara terperinci. Ada perkembangan pada beriwser ensmbl yang baru, hal itu berguna sebagai fitur tingkat nukleotida seperti kodon, polimorfisme nukleotida tunggal (SNP), dan situs restriksi.
Seperti browser UCSC sebelumnya, browser ensembl didukung dengan lengunggahan trek khusus, walau ukuran data trek dibatasi hingga 5 megabita. Selain itu, oernagkat ini menggunakan Distributed Annotation System (DAS). DAS memungkinkan pengguna untuk bisa memilih sejumlah sumber yang sudah di wujudkan. Server DAS menyediakan file khusus di server web, mengunggah file secara langsung, dan menawarkan fleksibilitas untuk bisa mempertahankan anotasi jarak jauh yang bisa diperbaharui sesuka hati.
Untuk mendapatkan data massal dari Ensembl, pendekatan yang bisa digunakan adalah DAS. Server ensembl DAS disediakan untuk mengekspor beberap trek yang lebih populer. Lalu, metode lain yang bisa digunakan adalah penambangan data interaktif dan unduhan massal adalah BioMart. BioMart menawarkan fitur antarmuka pengguna dengan data tingkat tinggi yang memiliki kemampuan operasi penyaringan dan penggabungan yang kompleks. BioMart terhubung pada Ensembl, tapi juga berkembang menjadi alatgenerik yang mendukung penambangan data untuk genome lainnya, seperti WormBase, HapMap, VectorBase, dll. Ensembl juga menawarkan akses terprogram ke database langsung dari kueri SQ, ke server MySQL, dan melalui Application Programming Interface (API).
Antarmuka pengguna Ensembl memiliki begitu banyak fitur dan butuh waktu untuk dipelajari. Tapi, dokumentasi dan pelatihan tetap disediakan supaya bisa mendapatkan hasil yang maksimal. Administrator di situs web memberitahu bahwa ada sekitar 250 kueri yang dibuat di basis data Ensembl setiap detiknya. Aplikasi yang menggunakan infrastruktur Ensembl biasanya tidak dilacak dengan benar, tapi kurang lebih ada sekitar 16 contoh penggunaan eksternal yang diketahui dari semua atau sebagian perangkat lunak Ensembl. Beberapa contoh situs web yang menggunakan perangkat lunak Ensembl untuk menyajikan datanya sendiri adalah Gramene dan VectorBase.
Bagaimana? Penjelasan ini mungkin akan membantu kalian yang penasaran mengenai browser Ensembl. Semoga penjelasan diatas bisa membantu kalian ya!
Sumber: Bioinformatics: Tools and Applications-David Edwards, Jason Stajich, David Hansen (book)
Leave a reply