MALANG - Ada begitu banyak pilihan jika kalian ingin menggunakan genome browser. Tapi, bagaimana sih cara menentukan genome browser yang tepat? 

Jadi, pemilihan browser bisa tergantung dengan beberal faktor. Dalam beberapa kasus, browser hanya ditentukan dengan pilihan yang kebetulan ingin digunakan. Hal itu sebenarnya baik-baik saja selama browser tersebut memenuhi keinginan dan kebetulan cocok untuk pengguna. Tapi lebih baik jika kalian mengeksplorasi terlebih dahulu, karena data yang relevan dan fitur antarmuka yang tidak ada dalam satu browser, mungkin akan kalian akan temukan di browser lainnya.

Dalam pemilihan spesies, ada tumpang tindih yang cukup besar. Maka, jika pilihan spesies tidak terbatas dan kalian memilih browser yang cepat dengan antarmuka yang sederhana, kalian bisa menggunakan UCSC (University of California at Santa Cruz) genome browser. Menggunakan browser ini memang bagus, tapi lebih baik juga jika kalian bisa mengunjungi Ensembl untuk mendapatkan spesies atau gen yang diminati. 

Jika kalian mencari browser dengan begitu banyak fitur, Ensembl adalah pilihan yang bagus. Jika kalian mengerjakan organisme model yang besar, kalian harus membuka MOD (model organism database) untuk menemukan spesie yang dicari. Sebagai contoh, data akan dicerminkan sampai batas tertentu pada browser genom, tiap detail dan integrasi data harus diperhatikan dari semua sumber agar menjadi pilihan terbaik di MOD untuk organisme pilihan kalian.

Khusus untuk kualitas fungsional atau estetika tertentu dan dari browser tertentu memang penting, tapi faktor penting lainnya harus dioerhatikan juga untuk keputusan platform perangkat lunak. Misalkan, ukuran atau tingkat keterampilan kelompok informatika akan menjadi faktor kunci. Dalam sebuah grup yang lebih kecil berkeinginan untuk mengaktifkan dan menjalankan browser genom dalam beberapa hari, maka GBrowse pilihannya. Jika ada beberapa staf ahli informatika yang tersedia, maka bisa saja menggunakan infrastruktur Ensembl atau UCSC. 

Hal yang terkahir untuk memilih genome browser ialah jika kalian suka memproduksi anotasi urutan genom, prediksi gen, data ekspresi, atau yang lainnya. Maka, instalasi lokal editor anotasi menjadi pilihan yang baik daripada browser genom berbasis web. Untuk kurasi model gen berdasarkan integrasi, bukti eksternal seperti konservasi urutan dan data ekspresi (Apollo atau Artemis) menjadi editor berpengalaman yang sudah digunakan untuk membubuhi keterangan banyak genom. Genome WorkBench juga memberikan penawaran rangkaian fitur yang begitu banyak dan terintegrasi dengan sumber daya NCBI utama lainnya.

Jadi, genome browser mana yang menjadi pioihan kalian? Semoga penjelasan singkat diatas bisa membantu kalian ya! 

Sumber: Bioinformatics: Tools and Applications-David Edwards, Jason Stajich, David Hansen (book)